網站如果遭到黑客攻擊掛馬情況可以通過以下方式處理：
1.聯系為自己制作網站的上海網站建設公司，讓他們盡快查殺木馬病毒或刪除掉不屬于自己的鏈接。
2.找一家專業做網站維護的公司，讓他們給處理下，然后做好服務器的安全設置，防止下次再次被掛馬。
3.自己安裝下殺毒軟件，通過殺毒軟件自動殺毒下，這種有可能殺不干凈，建議選擇前兩種。